对采自广西西江干流上游（天峨、东兰、大化、都安和合山）、中游（武宣、桂平和平南）以及下游（梧州）的333尾卷口鱼进行传统形态学测量，以主成分分析、单因子方差分析（One-way ANOVA）、判别分析和聚类分析等多种统计方法系统研究卷口鱼9个地理群体间的形态差异。其中，主成分分析共获取4个主成分（PC1~PC4），能解释81.429%的形态差异，PC1和PC2的贡献率分别为61.830%和7.863%，主要反映鱼体背腹轴和尾部的形态变化。PC1和PC2散点图显示，各地理群体间的形态差异在PC1轴上较在PC2轴上更易区分，其中桂平、平南和梧州群体已与其他群体产生明显偏离。进一步的单因子方差分析显示此三个群体的背腹轴性状（D3-6和D5-8）与多数群体存在显著性差异（P<0.05）。判别分析中，各地理群体的综合判别率高达96.36%，交互验证后为91.30%，能较好地区分各群体。聚类分析发现，武宣群体与上游5个群体形态最为相似性，先聚为一支，而后依次与形态距离较远的梧州、桂平和平南群体聚类。综上，广西西江干流9个卷口鱼群体间存在较为明显的形态差异，本研究将为卷口鱼种质资源保护管理及合理利用提供参考依据。